天正18年(1590)当時の水戸城主であった江戸氏を常陸太田の城主佐竹義宣公
が滅ぼし、翌19年水戸城主となった。義宣公は翌年の文禄元年(1592)常陸太田の馬場八幡宮に鎮祭の八幡宮を水戸城西八幡小路(現在北見町)に奉斎
し、慶長3年(1598)に現御本殿(国指定重要文化財)を建立し、水府総鎮守として鎮齋した。
慶長七年(1602) 佐竹氏が秋田へ移封され水戸は徳川家の所領となった。
元禄七年(1694)二代藩主光圀公の寺社政策の命により、八幡小路鎮祭の八幡宮を那珂西村(現城里町那珂西)へ移遷した。
宝永六年(1709) 三代藩主綱條公の時代、正神主田所修理清澄をはじめ氏子等の請願により那珂西から再び水戸に遷座され、現在の白幡山の神域に鎮齋された。移築の際、白鶴一羽が舞い降りて神域を卜定せしめたと伝わる
以来、水戸藩主代々の崇敬社で農・工・商の神また厄除・子育て・戌亥年生まれの守護神として崇敬される。
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